Investigación: Mi investigación posdoctoral comprende principalmente el estudio evolutivo del registro arqueológico de la Puna de Salta, Argentina. Particularmente de la dinámica evolutiva que tuvo lugar a partir del Holoceno Medio, y la transición hacia nichos económicos productores de alimentos. En este marco, mi intéres actual es el estudio de filogenias culturales y de modelos de comportamiento adaptativo. Con mis compañeros de equipo y estudiantes, también realizo investigaciones etnográficas en sociedades puneñas, mediante el uso de modelos derivados de la Ecología Evolutiva Humana, Sociobiología y la Teoría de la Transmisión Cultural.

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Muscio, H. J. (2010) REPRESENTACIONES RUPESTRES TARDÍAS EN MORRITOS, SAN ANTONIO DE LOS COBRES, PUNA DE SALTA. OBSERVACIONES PRELIMINARES. Comechingonia , 13

Muscio, H. J. (2009) Transferencia Horizontal, Cladismo y Filogenias Culturales. En: Clasificación y Arqueología: Enfoques y Métodos Taxonómicos a la Luz de la Evolución Darwiniana. , Capitulo 9 García Rivero, D. y Escacena Carrasco, J.L. (editores).Universidad de Sevilla, Sevilla.

Muscio, H. J. (2009). NICHO Y ESTRATEGIA PREDOMINANTE. DOS CONCEPTOS NECESARIOS EN ARQUEOLOGÍA EVOLUTIVA. La Teoría Evolucionista de Charles Darwin y su Impacto en la Historia del Pensamiento, Universidad Nacional de Rosario.

Muscio, H. J. (2009) Procesos y Patrones: Una estructura Evolutiva de Niveles Múltiples en Arqueología Evolutiva.Trabajo Presentado en Perspectivas Actuales en Arqueología Argentina CONICET-IMHICIHU-DIPA, 2008. En Prensa

Muscio, H.J.(2009). A Synthetic Darwinian Paradigm in Evolutionary Archaeology is Possible and Convenient . En H.J. Muscio y G. López (eds.), Theoretical and Methodological issues in Evolutionary Archaeology. Toward a Unified Darwinian Paradigm, 73-82. BAR International Series 1915. Oxford.

Muscio, H. J y Gabriel López (2007). Unidades de Análisis Arqueológicas en el Estudio Evolutivo de Adaptaciones con Economías de Producción de Alimentos: Un Examen de las Arqueofaunas de la Quebrada de Matancillas (Puna de Salta). Revista Shincal, Vol 7:111-134

Muscio, H.J. (2007).Sociabilidad y Mutualismo Durante las Expansiones Agrícolas en Entornos Fluctuantes: un Modelo de Teoría Evolutiva de Juegos Aplicado al Poblamiento del Período Temprano de la Puna de Salta. En Producción y Circulación Prehispanicas de Bienes en el Sur Andino. A. Nielsen, M.C. Rivolta, V. Seldes, M.M. Vázquez , y P.H. Mercolli (eds). 105-1033. Editorial Brujas, Córdoba Argentina.

MUSCIO,H.J. (2006). Una aproximación evolutiva a la complejidad y al orden social durante el Período Temprano a través del estudio de representaciones rupestres. El caso de la Quebrada de Matancillas, Puna Argentina (Estudios Atacameños 34) Pdf

2002- MUSCIO, HERNAN JUAN Señales Costosas y Comportamientos Rituales En Sociedades de Cazadores Recolectores de los Andes Centro Sur: La Hipótesis de Display (Cuaderno Di Thule,27,2002)Pdf

2001- HERNAN JUAN MUSCIO. Una Reevalución Crítica del Arcaico Surandino. (Publicaciones de OPFyL, FFyL Universidad de Buenos Aires)Pdf

1999 - MUSCIO, HERNAN JUAN. Colonización Humana del NOA y Variación en el Consumo de los Recursos: La Ecología de los Cazadores Recolectores de la Puna Durante la Transición Pleistoceno- Holoceno. (Naya, on line vertion)